灌南职业技术学校设机械工程学院、电力工程学院、计算机与软件工程学院、自动化与信息工程学院、资源开发学院、经济管理学院、化工学院、艺术学院、国际合作学院、成人教育学院、网络教育学院，文化教育部、思想政治教育部，技工学校、安全培训中心、实习实训中心、信息中心。开设汽车类、建筑类、医学类、计算机类、艺术类、管理类、煤矿类等51个专业及方向。其中，国家级重点建设专业6个、省级教学改革试点专业7个、省级特色专业建设点5个。建成国家级精品资源共享课程8门，省级精品资源共享课程23门。